Sistem keamanan pangan yang paling efektif adalah penerapan, penyelenggaraan dan pembaharuan di dalam kerangka suatu sistem manajemen yang tersturktur dan diterapkan kedalam seluruh aktivitas manajemen suatu organisasi. Hal ini memberikan keuntungan maksimal untuku suatu organisasi dan pihak-pihak yang tertarik. ISO 22000 telah diselaraskan dengan ISO 9001 dalam rangka mempererat keselarasan kedua standar tersebut. ISO 22000 dapat diterapkan secara terpisah dari standar sistem manajemen lain atau digabungkan dengan keberadaan sistem manajemen yang sudah ada. ISO 22000 memasukan prinsip sistem Hazard Analysis and Critical Control Point (HACCP) dan langkah-langkah penerapan yang dikembangkan oleh Codex Alimentarius Commission (Komisi Buku Pangan). Yang artinya persyaratan-persyaran yang dapat diperiksa, menggabungkan perencanaan HACCP dengan program-program terdahulu. Analisa bahaya merupakan kunci akan sistem manajement keamanan pangan, oleh karena pelaksanaan analisa bahaya membantu pengaturan penerapan pengetahuan yang dibutuhkan untuk menciptakan ragam tolak-ukur yang efektif. ISO 22000 mengharuskan semua risiko yang dimungkinkan terjadi pada jaringan pangan, termasuk bahaya yang disebabkan oleh proses dan fasilitas yang digunakan, teridentifikasi dan terukur. Dengan demikian menyediakan sarana untuk penentuan dan dokumentasi atas alasan mengapa beberapa risiko yang teridentifikasi harus dikendalikan oleh organisasi tertentu dan tidak untuk organisasi lain.